Esgotamento sanitário
Aproximadamente 75% da população total de Guarulhos é hoje atendida com coleta de esgoto, por meio de 1.574 quilômetros de rede (total geral até 2009). O tratamento de esgoto teve início no dia 27 de setembro de 2010, quando entrou em operação a Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) São João, que tem capacidade para tratar 15% dos esgotos coletados.

Guarulhos inicia um ambicioso programa no setor de Saneamento Básico, que prevê o tratamento de 73% de todo o esgoto coletado no município até 2012. O primeiro passo foi dado no dia 27 de setembro de 2010, quando entrou em operação a primeira das cinco estações previstas, localizada na região do São João, zona leste da cidade. A próxima a entrar em operação será a Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) Bonsucesso, cujas obras estão em fase de conclusão.
A ETE São João tem capacidade para tratar 15% do esgoto coletado na cidade, beneficiando diretamente 195 mil moradores de bairros como São João, Presidente Dutra, Parque São Luís, Jardim Maria Dirce, Lavras, Jardim Hanna, Jardim Maria Clara, Cidade Soberana, Inocoop, Ponte Alta, entre outros. Com a entrada em operação do primeiro módulo da ETE São João, é possível tratar até 200 litros de esgoto por segundo.
A região do São João recebeu 6 quilômetros de coletores-tronco e 1 quilômetro de interceptores, e teve a rede coletora de esgoto expandida. Nos próximos meses, o Serviço Autônomo de Água e Esgoto (Saae) deverá ampliar o sistema, inclusive com a implantação de estações elevatórias (unidades de bombeamento), aumentando gradativamente o volume de esgoto efluente levado à estação. As obras da ETE São João foram iniciadas em julho de 2009 pelo Consórcio Serveng/Engeform, formado pelas empresas Serveng Civilsan S.A e Engeform Construções e Com. Ltda, que venceu processo de licitação realizada pelo Saae.

Desde janeiro de 2008, o Serviço Autônomo de Água e Esgoto (Saae) do município executa obras do Programa de Tratamento de Esgoto de Guarulhos. Até agosto de 2010 foram feitos cerca de 160,24 quilômetros de redes coletoras e cerca de 29,08 quilômetros de coletores-tronco, linha de recalque e interceptor. O total projetado estimado é de 287,8 quilômetros, entre redes coletoras, coletores-tronco, linha de recalque e interceptores.
Em 2009, o Saae iniciou a construção de duas Estações de Tratamento de Esgoto (ETEs) - São João e Bonsucesso -, além de coletores-tronco que permitirão conduzir esgotos até a ETE São Miguel, pertencente ao Sistema Metropolitano, e a de coletores-tronco e interceptor do Sistema Várzea do Palácio. As obras da ETE Bonsucesso estão em fase de conclusão. Ainda serão construídas mais três ETEs - Várzea do Palácio, Cabuçu e Fortaleza. Os cinco sistemas próprios darão atendimento às regiões Cabuçu, Fortaleza, Várzea do Palácio, São João e Bonsucesso. Já a ETE São Miguel, do Sistema Metropolitano, dará atendimento às regiões Pimentas e Cumbica.
Guarulhos investe no sistema de esgotamento sanitário graças a recursos do Governo Federal e recursos próprios. Considerando as contrapartidas do município, em 2007 foram destinados R$ 225,3 milhões para o sistema de esgotamento sanitário. No dia 2 de setembro de 2009, outros R$ 92,7 milhões foram anunciados pelo Governo Federal. Esse novo repasse está associado ao rigoroso cumprimento do cronograma de obras do Programa de Tratamento de Esgoto. Os R$ 92,7 milhões vão complementar as ETEs São João e Bonsucesso.
Somando os dois repasses, Guarulhos investirá R$ 318 milhões em obras de esgotamento sanitário, com foco no tratamento de esgoto. Aguarda-se nova liberação de recursos para complementar todas as ETEs.